FC Molniya er et russisk fotballag som spiller i den nest høyeste divisjonen i Russland, First Division. Klubben ble grunnlagt i 1997 og har base i Omsk, Russland.

Molniya spiller sine hjemmekamper på Krasnaya Zvezda stadion, som har en kapasitet på 18 000 tilskuere. Klubbfargene er blått og hvitt.

Klubbens mest kjente spillere er Aleksandr Anyukov, som spilte for det russiske landslaget, og Aleksandr Kerzhakov, som er toppscorer i Russlands Premier League gjennom tidene.

Molniya har aldri vunnet noen store trofeer, men de har vært i finalen i den russiske cupen én gang, i 2007. De tapte 0-1 mot CSKA Moskva.

Klubben har en sterk rivalisering med SKA-Energiya Khabarovsk, og kampene mellom disse to lagene kalles "Det sibirske derbyet".